Giovanni Antonio Capodistria (Corfù, 11 febbraio 1776 – Nauplia, 27 settembre 1831), è stato un politico e diplomatico corfiota di origini italiane, nato durante l'amministrazione veneziana, poi politico della Repubblica delle Sette Isole Unite, quindi diplomatico dell'Impero russo e infine primo capo di Stato della Grecia indipendente.
Giovanni Capodistria nacque nella città di Corfù veneziana, il centro principale delle Isole Ionie ed era il sesto figlio del conte Antonio Maria Capodistria e di Diamantina Gonemi. I Capodistria erano iscritti nel Libro d'Oro della nobiltà corfiota fin dal 1679 in virtù di un ascendente che era stato nominato conte da Carlo Emanuele II di Savoia e derivavano il loro nome dall'omonima cittadina istriana da cui la famiglia (Vittori era il cognome originario) proveniva, mentre i Gonemi (famiglia della madre) erano iscritti nel Libro d'Oro da ancor più lunga data (1606).
Godette dell'educazione e dei mezzi riservati all'élite dell'epoca e poté studiare medicina, filosofia e giurisprudenza all'università di Padova. Frequentando i salotti veneziani, incontrò Isabella Teotochi e Ugo Foscolo. Nel dicembre del 1795 entrò all’Accademia di scienze, lettere ed arti di Padova. Nel 1797 conseguì la laurea in filosofia e medicina.
In seguito all’occupazione francese delle isole Ionie e alla confisca dei beni di famiglia, rientrò a Corfù ed esercitò la professione medica.
Nel marzo 1802, Capodistria aveva fondato il Collegio Medico a Corfù, un’associazione medica (la prima del suo genere in Grecia). Come membro del governo, intraprende iniziative per istituire un sistema di istruzione pubblica – fino a quel momento praticamente inesistente – e nel 1805 fonda l’Archiginnasio.
Mentre era a Vienna come membro della delegazione russa al Congresso del 1814-15 venne informato della fondazione di una “Società Filomusa” ad Atene con lo scopo di promuovere la conservazione delle antichità, ma anche di far progredire l’educazione dei giovani greci; la società ha ricevuto il sostegno diretto di diplomatici e filelleni britannici. Capodistria decise di fondare una Società Filomusa a Vienna, con lo scopo principale di aiutare i giovani greci a perseguire una “educazione europea”, e lo zar la sostenne come mezzo per contrastare l’influenza britannica nei Balcani.
Una delle sue prime priorità come governatore è stata l’istituzione della prima Banca nazionale greca. Nell’aprile 1828 firmò un decreto che autorizzava il conio della fenice, la prima moneta nazionale della Grecia moderna. Fondò anche la prima tipografia sull’isola di Egina (allora capitale provvisoria della Grecia) e il primo Museo Archeologico (museo archeologico di Egina). Nel 1829 Nauplia divenne la capitale della Grecia. A Nauplia fu fondata anche la Scuola militare degli Evelpidi.
Ha assunto il compito della ricostruzione delle città devastate e di un’economia in declino. Ha posto le basi per i primi sistemi di istruzione e di stato sociale, fondando scuole di monitoraggio (cioè scuole che impiegano il “sistema di istruzione reciproca”), scuole di artigianato e il primo orfanotrofio organizzato del Paese. Ha anche fondato la prima fattoria modello e la scuola di agricoltura, vicino alla città di Nauplia. Ha mostrato particolare interesse nella promozione dell’agricoltura e ha anche sostenuto la navigazione e la costruzione di cantieri navali sulle isole.
Ha anche posto le basi per un sistema giudiziario e di pubblica amministrazione, introducendo un codice di procedura civile e un insieme di leggi, istituendo tribunali di primo grado nelle sedi delle prefetture, tribunali locali nelle città e tribunali d’appello. Nonostante i suoi sforzi, non è stato in grado di garantire prestiti da banche estere; ha tuttavia ricevuto appoggi e aiuti finanziari da governi stranieri, in particolare Russia e Francia. Ha anche usato la sua fortuna personale per contribuire finanziariamente alle molte esigenze dello stato greco, rifiutandosi anche di ricevere alcun salario come governatore.
Il 9 ottobre 1831 venne assassinato da due membri della famiglia Mavromichalis, una famiglia grande e potente che ha agito come governante (bey) della penisola semi-autonoma di Mani nel Peloponneso. La famiglia si rifiutò di cedere i propri privilegi e le proprie autorità al governo centrale e nel 1830 incitò un’aperta ribellione a Mani contro Capodistria. Alcuni di loro furono arrestati e messi in prigione, il che alimentò ulteriormente la loro animosità che portò all'assassinio di Capodistria.
A lui è intitolata l’Università di Atene.